Omicron è l’ultima delle varianti note di SARS-CoV-2 in circolazione. Come è stato possibile identificarla e perché è importante scoprire nuove varianti?

Sono oltre 70 le nazioni nel mondo dove la variante Omicron (B.1.1.529) di SARS-CoV-2 ha fatto la sua comparsa. Come si sia diffusa così rapidamente non è noto ma senz’altro è evidente che nonostante tutte le misure di restrizione il coronavirus non conosce confini e cerca solo nuovi ospiti e di adattarsi all’ambiente in cui si trova. Lo dimostrano i quasi 100 mila casi al giorno che vengono registrati nel Regno Unito e gli oltre 60 mila casi in Francia. La buona notizia è che la variante Omicron sembra sì avere maggiore capacità di diffusione ma non sembra essere più letale, sempre per il principio di adattamento di cui abbiamo parlato in questo articolo recentemente.

Come è stato possibile identificare la variante Omicron?

Dall’inizio della pandemia è in atto un sistema di sorveglianza attiva che lavora su vari livelli. Ad esempio, la sorveglianza viene esercitata attraverso l’analisi dei casi positivi rilevati con il tampone molecolare (qui i dati da Epicentro). Tuttavia, il tampone molecolare non fornisce informazioni sulle varianti del coronavirus e quindi non è utile per sapere se all’interno di una nazione o regione particolare, circoli lo stesso SARS-CoV-2 o una sua variante.

L’unico sistema attendibile per verificare quali varianti circolino in un’area geografica, è il sequenziamento dell’acido nucleico del virus che si effettua con una tecnologica nota con il nome di Next Generation Sequencing (NGS) e che è disponibile in molti laboratori di biologia molecolare negli ospedali e nei laboratori pubblici e privati.

Per il sequenziamento del coronavirus, è necessario effettuare un tampone, ovvero lo stresso sistema che si utilizza per l’analisi con RT-PCR che si effettua con il tampone molecolare. In caso l’RT-PCR sia positiva, si procede con il sequenziamento dell’acido nucleico. Purtroppo, in poche nazioni si procede in questo modo. Nel Regno Unito si sequenzia il virus di circa 112 persone ogni 100 mila, negli Stati Uniti e in Canada si sequenzia il virus di circa 29 persone ogni 100 mila. Queste sono le nazioni con il sistema di sorveglianza e rilevazione di varianti più efficiente al mondo. In Italia il sequenziamento del virus è poco diffuso (qui i dati GISAID) e questo porta a un potenziale ritardo nella identificazione di nuove varianti sul territorio nazionale.

Sequenziare il genoma del coronavirus è certamente più complicato e costoso che solo rilevarne la presenza attraverso un tampone molecolare, occorre anche più tempo, infatti i dati del sequenziamento sono disponibili sulla piattaforma di sorveglianza GISAID dopo 10 giorni nel Regno Unito e dopo 28 giorni negli Stati Uniti.

Quali sono i vantaggi di conoscere la presenza di una variante in un territorio?

I vantaggi sono molteplici. Innanzitutto, conoscere la diffusione di una nuova variante in una nazione, serve per comprendere se il sistema di sorveglianza alle frontiere funziona e quindi provvedere ad eventuali rafforzamenti di tale sistema in caso di necessità.

Altro vantaggio importante è costituito dal fatto che si può comprendere l’efficacia della vaccinazione, sia nella riduzione della trasmissibilità del virus che nella gravità dei sintomi. Di conseguenza la comunità scientifica e le aziende produttrici di vaccini possono lavorare su una nuova generazione di vaccini più efficaci sulle varianti.

Dai dati diffusi dall’Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), risulta evidente che è ancora molto basso il numero di casi positivi che vengono sequenziati, la raccomandazione dell’OMS è di sequenziare almeno il 5% dei casi positivi. In Italia, la media nazionale è 2,1% (dati aggiornati a Settembre 2021) ma con grandi differenze da regione a regione. I dati sono registrati a livello nazionale sulla piattaforma I-Co-Gen (Italian-Covid19-Genomic) sviluppata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS). I-Co-Gen è basata su una infrastruttura collaborativa per la raccolta, analisi e condivisione dei dati di sequenziamento genomico a livello nazionale. Questi dati vengono poi condivisi sulla piattaforma GISAID che raccogliere i dati di sequenziamento del genoma di SARS-CoV-2 a livello mondiale.

In conclusione, il sequenziamento del genoma del coronavirus è essenziale per poter sviluppare e applicare le corrette misure per contenere l’epidemia e anche per poter sviluppare cure e vaccini efficaci. L’Italia è ancora indietro su questo aspetto mancando un coordinamento a livello nazionale che imponga il raggiungimento del minimo consigliato dall’OMS. Ma forse è proprio questo il problema non dovrebbe essere consigliato ma imposto.

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here